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Ao longo do ano, são oferecidos cursos para escolas e instituições de ensino, públicas e particulares, de todo o Estado, abordando temas relativos à Biologia, Ecologia Costeira e Marinha, com enfoque especial à Educação Ambiental.

A convite de instituições educacionais de outros Estados, o CECLIMAR tem levado vários de seus cursos além-fronteira, ajudando na formação de estudantes e professores dos mais diferentes níveis.