Texture – um editor de manuscritos científicos aberto

O Texture é um software de edição de código aberto projetado especificamente para editar e comentar conteúdo científico. O Texture possui suporte de primeira classe para a JATS (Journal Article Tag Suite), o padrão de facto para arquivamento e intercâmbio de conteúdos científicos de acesso aberto com XML.

Neste post, vou explicar a motivação e a missão por trás do Texture. Abordarei o estado atual do desenvolvimento, uma visão sobre em que estaremos trabalhando a seguir e como você pode participar.

Publicar um artigo científico demora muito tempo e custa muito caro

Hoje em dia, os autores podem escolher escrever seu manuscrito em um processador de texto tradicional (como o Microsoft Word) ou usar uma linguagem de marcação compilada (como LaTeX). O primeiro é fácil de usar, mas oferece apenas conteúdo pronto para impressão, o segundo fornece mais estrutura, porém requer que o usuário trabalhe com um editor de texto simples e aprenda uma linguagem de marcação. Em ambos os casos, os publishers precisam converter o formato de apresentação em JATS-XML estruturado, antes que ele possa ser publicado e arquivado. Esta etapa requer uma quantidade significativa de trabalho manual, geralmente feito por empresas de editoração e usando ferramentas comerciais próprias. Por isso, não só os documentos geralmente levam muitos meses desde a submissão até a publicação, mas o processo também é extremamente caro. Esperamos que as ferramentas abertas que simplifiquem o fluxo de trabalho de publicação permitirão aos publishers concentrarem-se na entrega de um serviço de avaliação por pares de alta qualidade para a comunidade de pesquisadores.

Nossa grande visão para o Texture é fornecer uma ferramenta gratuita de alta qualidade para os autores escreverem documentos que podem ser auto-publicados (para compartilhamento rápido de resultados) ou submetidos a um publisher como um arquivo JATS-XML estruturado, permitindo um processo de produção muito mais rápido e econômico. Além disso, no futuro, queremos fornecer uma interface de autoria estendida que também permita a criação de documentos executáveis ​​e totalmente reprodutíveis.

Eliminando a editoração

Antes de colocar o Texture nas mãos dos autores, estamos trabalhando para eliminar a necessidade de formatação manual pelos publishers. O Texture permite aos usuários transformar conteúdo bruto em conteúdo estruturado e adicionar informação semântica para satisfazer os requisitos do publisher. O principal objetivo do Texture é remover este requisito da competência XML, fornecendo uma solução para que os publishers tragam documentos aceitos para produção de forma mais eficiente.

O Texture lê e produz arquivos JATS válidos. Isso permite que o editor funcione perfeitamente nos fluxos de trabalho de publicação existentes. Por exemplo, o Texture pode extrair o resultado de um conversor do Word para a JATS e melhorar o conteúdo até estar pronto para ser publicado, integrando-se nas cadeias de ferramentas atuais. O Texture produz JATS-XML normalizado de acordo com regras rígidas e práticas recomendadas para marcação. Por exemplo, o Texture pode abrir uma ampla gama de variantes (como a diretriz de marcação SciELO), mas produz uma marcação mais restrita e mais consistente (JATS4R). Com esta abordagem, os usuários do Texture podem organizar seus documentos, alcançando uma marcação extremamente consistente, o que seria difícil de conseguir em um cenário de editoração manual.

Usando o Texture, nós propomos um processo de refinamento iterativo. A partir do melhor resultado disponível de um processo de conversão automatizado, diferentes etapas são tomadas para transformar o artigo em um artigo estruturado e semanticamente marcado, incrementado com metadados.

Estado de desenvolvimento

O desenvolvimento inicial do Texture teve início em 2014 como parte do projeto Substance. Um protótipo funcional inicial de um editor científico foi lançado em 2015 como Lens Writer. Em junho de 2016 o Texture Alpha (financiado pelo PKP – Public Knowledge Project) foi lançado, adicionando conversão JATS livre de perdas. Em outubro de 2016 o Texture Alpha 2 (financiado por Érudit) foi publicado, fornecendo um protótipo estabilizado.

Hoje lançamos o Texture Alpha 3, um passo importante para uma solução completa para edição de artigos JATS. Gostaríamos de agradecer o SciELO e o PKP por terem financiado esta última etapa de desenvolvimento. A nova versão é agora capaz de editar citações estruturadas, autores, afiliações, bem como outros metadados específicos de periódicos.

Também implementamos numeração automática de rótulos para referências e figuras. Além disso, existe uma nova e poderosa caixa de diálogo ‘Localizar e substituir’ e a função copiar e colar entre aplicativos melhorou muito (por exemplo, de e para o Microsoft Word ou o Google Docs).

Experimente nossa demonstração online do Texture e saiba mais sobre como o Texture funciona. Para uma visão geral detalhada do status de desenvolvimento, consulte o README do projeto no Github.

Porque escolher o Texture?

Existem vários aplicativos de editores científicos disponíveis. Alguns deles são baseados na web (FidusWriter, Overleaf, Authorea), mas também há aplicativos de desktop nativos (Manuscripts.app).

O Texture é diferente de outras soluções na medida em que ele é construído a partir da JATS, um padrão de facto já estabelecido. Estamos dedicados a apoiar a JATS a longo prazo e ajudar a melhorar o padrão, contribuindo para a comunidade JATS4R.

Nós também queremos convidar outros desenvolvedores de editores a considerarem a construção de nossa tecnologia de código aberto. Vamos trabalhar juntos em uma base padrão confiável para sistemas de publicação baseada na web, em vez de competir pela melhor ferramenta que resolva tudo. E se todas as áreas do conhecimento científico pudessem concordar com um formato de intercâmbio comum para artigos publicados? Então, nós poderíamos começar a criar ferramentas especializadas de domínio específico ao mesmo tempo em que estaríamos completamente interoperáveis. Poderíamos ainda fomentar o intercâmbio interdisciplinar de conhecimentos, dados e métodos, o que dificilmente é possível no momento.

Um vislumbre do futuro do Texture

Nosso próximo passo é fazer testes de usuários em publishers. O SciELO, o PKP e a Érudit começarão isso durante o verão. Juntamente com eles, vamos coletar problemas e recursos ausentes e trabalhar em um roteiro refinado para transformar o Texture em um produto viável e ajudar os adotantes a configurá-lo de acordo com as especificidades de seu periódico. Esperamos que o Texture esteja estável e pronto para produção dentro dos próximos 12 meses.

Embora, a curto prazo, o Texture concentre-se nos casos de publishers como usuários, estamos explorando casos de uso futuros para o Texture como uma interface de autoria. Por exemplo, a avaliação por pares pode ser realizada inteiramente no Texture, incluindo a comunicação entre os pares (pareceristas, autores, editores) que atualmente estão fragmentados em diferentes canais, como e-mail ou mensageiros. O objetivo final é usar o Texture como um bloco de construção integral em sistemas de publicação modernos e personalizados de ponta a ponta, onde o documento fica no centro (fonte única) e é editado por todas as partes envolvidas (autor, editor, parecerista) de forma colaborativa.

Queremos ir ainda mais longe e adicionar elementos reprodutíveis aos documentos JATS. Estamos trabalhando em conjunto com o Stencila ao expandir o Texture para permitir que tanto a narrativa textual quanto o código executável coexistam em um único documento.

Juntamente com outros projetos, queremos estabelecer um conjunto completo de ferramentas de código aberto para cobrir todas as etapas da publicação científica. Por exemplo, um artigo reprodutível pode ser escrito no Stencila, submetido a um editor como um arquivo JATS-XML. Ele estará disponível para leitura no site do editor, mas também pode ser consumido em ferramentas de leitura modernas, como o eLife Lens ou ScienceFair.

Rumo a uma diretriz de marcação universal para a JATS

Nos damos conta que uma mudança na publicação científica requer um amplo consenso. Com o desenvolvimento do Texture, estamos convidando organizações interessadas em usar o Texture para participar na definição de uma diretriz rigorosa para a marcação de conteúdo com a JATS. Ainda não existe um consenso sobre qual esquema JATS deve ser usado: existem muitas variantes em uso em diferentes periódicos. Isso significa que alguns elementos podem ser marcados de forma diferente. Por exemplo, existem várias maneiras de marcar uma afiliação. Se o consenso puder ser alcançado em um único esquema, o conteúdo ficaria interoperável, fácil de consultar e, no Texture, poderíamos ter apenas uma via de implementação e uma interface de usuário (por exemplo, para editar uma afiliação).

Em junho, tivemos uma reunião muito boa e produtiva na eLife com membros da comunidade JATS4R. Melissa Harrison da eLife, Paul Donohoe da Springer Nature, Mike Eden da Cambridge University Press e Sean Harrop do BMJ estavam na mesa. Concordamos que as comunidades Texture e JATS4R trabalharão em conjunto para fornecer uma orientação de marcação universal e expressiva para a JATS, que será promovida como JATS4R. Como consequência, o Texture proporcionará suporte total para todo o conteúdo em conformação com JATS4R.

Para se envolver com o desenvolvimento deste consenso, entre em contato conosco em info@substance.io.

Ajude-nos a fazer do Texture o editor de que você precisa

O Texture é desenvolvido pelo Substance Consortium, que foi estabelecido pelo Public Knowledge Project (PKP), Collaborative Knowledge Foundation (CoKo), Scientific Electronic Library Online (SciELO), Érudit e Substance. Em julho de 2017, a eLife se uniu ao consórcio para apoiar o desenvolvimento colaborativo de novas ferramentas para apoiar publishers de acesso aberto.

O desenvolvimento do Texture será priorizado para atender às necessidades dos membros do consórcio e da comunidade editorial mais ampla, com vias claras para a participação e a discussão da comunidade.

Se você estiver interessado em usar o Texture e apoiar o nosso trabalho, convidamos você a se juntar a nós. Quanto maior a nossa comunidade, mais rápido seremos capazes de alcançar nosso objetivo de tornar a publicação científica mais eficiente, transparente e aberta.

Pode nos enviar um e-mail diretamente para info@substance.io. Comentários através da nossa lista de e-mail são bem-vindos. Por favor, junte-se a esta lista para estar informado sobre as atividades do consórcio.

O código fonte do Texture está licenciado sob licença MIT e está disponível em http://github.com/substance/texture.

Para obter as últimas novidades em inovação, eLife Labs e as novas ferramentas de código aberto, inscreva-se em nosso boletim de inovação e tecnologia. Também pode nos seguir em @eLifeInnovation no Twitter.

Referências

AUFREITER, M. Produce a scientific paper with Lens Writer [online]. Substance. 2015 [viewed 25 July 2017]. Available from: http://medium.com/@_mql/produce-a-scientific-paper-with-lens-writer-d0fc75d11919

eLife joins Substance Consortium to support development of open-source online content-editing tools [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http://elifesciences.org/for-the-press/f87f62a7/elife-joins-substance-consortium-to-support-development-of-open-source-online-content-editing-tools

Innovation: Collaborating to devise the future executable article [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http://elifesciences.org/inside-elife/c8ca56de/innovation-collaborating-to-devise-the-future-executable-article

Introducing Texture: An Open Source WYSIWYG Javascript Editor for JATS [online]. National Center for Biotechnology Information (NCBI) [viewed 25 July 2017]. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK425544/

Seeing through the eLife Lens: A new way to view research [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http://elifesciences.org/inside-elife/0414db99/seeing-through-the-elife-lens-a-new-way-to-view-research

 

Fonte: Texto de Michael Aufreiter para Scielo em Perspectiva

10 de agosto de 2017

Publicado por Priscila Jacobsen