O Neprisul está estruturado em quatro linhas de pesquisa principais, das quais diferentes pesquisadores participam.
Relações Internacionais da América Latina
Esta linha de pesquisa busca agregar estudos sobre a região da América Latina. Tem como foco de análise compreender o papel da América Latina nas Relações Internacionais contemporâneas, com foco na integração, na segurança e nos temas do desenvolvimento. Entre os principais temas de pesquisa estão as relações regionais, os processos de integração, as relações bilaterais e multilaterais.
Relações Internacionais da África
A linha de pesquisa sobre Relações Internacionais da África reúne estudos relacionados aos países africanos e ao continente enquanto conjunto, centradas, sobretudo, nas dimensões política, econômica e securitária. Nesse sentido, compreende não apenas pesquisas sobre a interação entre os países do continente, mas também desses com atores extracontinentais, especialmente aqueles do Sul global. Assim, tem como principal foco a análise e reflexão acerca da inserção internacional do continente africano no século XXI.
Relações Internacionais da Ásia
Esta linha de pesquisa tem como foco o papel da Ásia na Geopolítica e na Geoeconomia Global. Congrega pesquisas sobre os temas regionais asiáticos, bem como a atuação dos países asiáticos nas Relações Internacionais. Tem como foco estudar o processo de ascensão de potências asiáticas a reconfiguração da ordem internacional. Nesse sentido, especial atenção é dada para Estudos sobre China e Índia na perspectiva do Sul Global, sobretudo aos impactos do projeto Nova Rota da Seda.
Relações Internacionais do Brasil e do Sul Global
Esta Linha de Pesquisa agrega estudos sobre Política Externa Brasileira na perspectiva do Sul Global. Nesse sentido, tem como eixo o estudo dos padrões, processos e condicionantes da inserção internacional do Brasil no atual sistema internacional. Tem como eixos de análise as relações do Brasil com países do Sul Global, a Cooperação Sul-Sul e a atuação do Brasil nos grandes temas reginais e globais, dentro de uma reflexão teórica sobre a atuação dos países periféricos no sistema internacional. Nesse sentido, também debate sobre os dilemas das potências emergentes no século XXI, em especial do Sul Geopolítico.