O estado de conservação de uma paleotoca varia grandemente. Enquanto algumas estão bem preservadas, outras apresentam erosão na sua base e feições de colapso no seu teto. Outras estão entulhadas, parcial ou totalmente, com sedimentos trazidos pelas águas da chuva e, neste caso, são chamadas de crotovinas, um termo que vem do russo "krotovina".

Esqueletos dentro de uma paleotoca de grande porte são extremamente raros. Um ou dois casos isolados são conhecidos do Brasil. Na Argentina são conhecidas crotovinas com restos de esqueletos de tatus no sedimento que preenche a crotovina. Quando um animal morre dentro de uma paleotoca, seus ossos via de regra não se preservam, porque estão expostos ao ar e à umidade e se decompõe com facilidade.

O mais interessante, dentro de uma paleotoca, são as marcas de garra que podem ser encontradas nas paredes. São sulcos profundos (mais de 1 cm) e compridos (mais de 50 cm), paralelos ou não, feitas pelo animal que escavou a toca. As marcas de escavação são fundamentais no estudo das paleotocas, porque constituem um indício importantíssimo em relação ao animal escavador. São vários tipos de marcas, principalmente sulcos longos. As paleotocas de Novo Hamburgo (RS) são um exemplo magnífico de tocas com marcas de escavação. Em algumas tocas encontra-se mais de 5.000 marcas de garra.