O Curso de Doutorado tem a duração de quatro anos, sendo prorrogável por até um ano, totalizando um período máximo de cinco anos, sendo necessária a realização de disciplinas totalizando, no mínimo, 36 créditos, sendo que cada crédito corresponde a 15 horas/aula. Para os alunos que possuem título de mestre, são aceitos, no máximo, 24 créditos dos aprovados no Curso de Mestrado, sendo, neste caso, necessária a realização de, no mínimo, mais 12 créditos para concluir o doutorado. Existe a possibilidade de serem cursadas disciplinas de outros programas de pós-graduação da UFRGS, desde que não ultrapasse 25% do total de créditos cursados, sendo esse limite também estabelecido para o total de disciplinas de outra área de concentração cursadas pelos alunos.

O doutorando também deve realizar um estágio docente, porém por um período maior que o exigido para o mestrando, de dois semestres em disciplinas da graduação. Outra exigência do Programa para o doutorando defender sua tese é ser aprovado em prova de proficiência em língua estrangeira, que é oferecida pela UFRGS duas vezes ao ano, sendo que os alunos do PPGEC não pagam a primeira taxa de inscrição.

No período máximo de dois anos, o doutorando deve fazer um exame de qualificação, que consiste na elaboração de um projeto de pesquisa contendo uma revisão bibliográfica bastante aprofundada. Este projeto deve ser defendido perante uma banca de, no mínimo, três examinadores, um dos quais, pelo menos, deve ser externo à UFRGS.