O Programa de Pós-Graduação em Ecologia realiza anualmente processo seletivo para ingresso de alunos regulares.

O edital de seleção é publicado entre os meses de setembro e outubro e as provas ocorrem em dezembro.

Além do ingresso via processo seletivo, o PPG Ecologia recebe alunos internacionais através dos programas IMAE, PEC-PG e MCT-Mz.