A EMBRAPII é uma das principais entidades para fomento no Brasil, atuando por meio da cooperação com instituições de pesquisa científica e tecnológica, públicas ou privadas, tendo como foco as demandas empresariais e como alvo o compartilhamento de risco na fase pré-competitiva da inovação.
A EMBRAPII tem papel fundamental no ecossistema de inovação brasileiro, não apenas como uma oportunidade de fomento não reembolsável a projetos de inovação, mas como uma rede de colaboração com competências, atores e recursos complementares, que podem alavancar tecnologias e promover mudanças na forma como as empresas utilizam as mesmas.
As Unidades e Polos EMBRAPII são Centros de Inovação com grande capacidade técnica para resolver as demandas das empresas por soluções tecnológicas e inovações.