Jmol

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Jmol
The Jmol logo.
Jmol screenshot streptavidin.png

Jmol é um visualizador open-source em Java de estruturas químicas em 3D.O Jmol se volta como uma ferramente de representação, em 3D, de uma molécula, que pode ser utilizado como uma ferramenta de ensino1 , por exemplo, ou para pesquisas em química e bioquímica. É um software livre e aberto, escrito em Java e por isso, o software roda em Windows,Mac OS XLinux e Unix. Existe uma aplicação autônoma e um kit de ferramentas de desenvolvimento que podem ser integrados em outras aplicações Java. A característica mais notável é um applet que pode ser integrado em páginas da Web para exibir as moléculas em uma variedade de maneiras. Por exemplo, as moléculas podem ser exibidos como modelos de “bastão e bola”, por enchimento, por fita e etc. Jmol suporta uma ampla gama de formatos de arquivos moleculars, incluindo o formato Protein Data Bank (PDB), Crystallographic Information File (CIF), MDL Molfile (mol), e Chemical Markup Language (CML).

O Jmol applet, entre outros recursos, oferece uma alternativa para o plug-in Chime1 , que não se encontra mais em desenvolvimento. Enquanto o Jmol tem muitas características que não estão disponíveis no Chime, não tem a pretensão de reproduzir todas as funcionalidades Chime (sobretudo, o modo alerta de escultura). Chime requer um plug-in de instalação e os seguintes navegadores: Internet Explorer 6.0 ou Firefox 2.0 no Microsoft Windows, ou OS 9/Netscape Communicator 4,8 no Macintosh.O Jmol necessita de instalação Java e opera em uma ampla variedade de plataformas. Por exemplo, Jmol é totalmente funcional no Mozilla Firefox, Internet ExplorerOpera e Google Chrome no Microsoft Windows, no Mozilla Firefox em Linux, e no Safari no Mac OS X.

Fotos

  • Jmol screenshot 2hvy.jpg
  • Jmol screenshot hemoglobin.png
  • Jmol screenshot zincfinger.png
  • Jmol screenshot thermus ribosome 1jgo and 1giy.jpg

Referências

  1. ↑ Ir para:a b Herraez, A (2006), “Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue”Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4): 7,doi:10.1002/bmb.2006.494034042644

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