Margot Guerra Sommer nasceu em Bento Gonçalves em 1948. Aos 14 anos, decidiu ingressar no curso de História Natural da UFRGS. Graduou-se em 1972, com mestrado em 1973 e doutorado direto em 1989, ambos em Geociências pela UFRGS. Em 1974, foi convidada a lecionar Paleobotânica no recém-criado Programa de Pós-Graduação em Geociências. Ingressou como docente em 1975 e tornou-se Professora Titular em 1989. Fundou o primeiro laboratório de investigação paleobotânica do sul do Brasil e implantou memorável acervo científico junto ao Museu de Paleontologia Irajá Damiani Pinto.
Suas investigações sobre as floras gonduânicas e os carvões da Formação Rio Bonito mudaram o paradigma sobre a origem da biomassa geradora do carvão no sul do Brasil, demonstrando que foram gerados por biomassas de áreas pantanosas menos exuberantes do que as florestas do Hemisfério Norte. A partir de 2004, liderou estudos pioneiros de calibração de dados bioestratigráficos com datações radiométricas U-Pb em zircões de leitos de tonstein, estabelecendo correlações das unidades estratigráficas gonduânicas em escalas globais. Seus estudos sobre epidermes fósseis como paleobarômetros permitiram inferir padrões de concentração de CO₂ na atmosfera permiana.
Publicou mais de 80 artigos em revistas internacionais, 36 artigos em anais, mais de 30 capítulos de livros e cerca de 80 resumos. Orientou 25 alunos de pós-graduação. Coordenou o PPG em Geociências, foi vice-presidente da Câmara de Pós-Graduação do CEPE e integrou comitês assessores do CNPq e da FAPERGS. Recebeu a Medalha Irajá Damiani Pinto (2007) e foi Pesquisadora Homenageada da Sociedade Brasileira de Paleontologia (2013). Representou a geração que consolidou a pesquisa em Geociências no Brasil, formando formadores e expandindo centros de pesquisa em paleobotânica. Em 2016, recebeu o título de Professora Emérita da Universidade Federal do Rio Grande do Sul.