A Modelagem Molecular utiliza de ferramentas dispostas pela informática a fim de desenvolver modelos computacionais que mimetizem o comportamento de moléculas, permitindo a previsão de suas características e consequente obtenção de dados úteis para o planejamento de novos compostos. Em Química Medicinal, esse ramo possibilita a economia de tempo e evita o gasto desnecessário de reagentes ao propor uma análise prévia buscando alternativas mais inteligentes e mais adequadas ao objetivo proposto. No LaSOM são utilizadas ferramentas como o docking molecular, dinâmica molecular e QSAR a fim de estabelecer comparações e formular propostas mais embasadas, possibilitando maiores chances de sucesso.