O Laboratório de Ecotoxicologia do Centro de Ecologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul foi criado em 1991, a partir de um convênio firmado com a Refinaria Alberto Pasqualini – PETROBRAS, com o objetivo de avaliar e caracterizar o grau de toxicidade dos efluentes líquidos e dos corpos receptores desse complexo industrial. Desde então, o laboratório vem realizando trabalhos de biomonitoramento da poluição aquática por meio de ensaios de toxicidade voltados à determinação dos efeitos de contaminantes em corpos d’água continentais. Esses ensaios são baseados em normas técnicas padronizadas por instituições de pesquisa e controle ambiental com reconhecimento nacional e internacional.
Entre sua fundação e o ano de 2009, o Laboratório de Ecotoxicologia implantou uma série de métodos ecotoxicológicos aplicados ao monitoramento da toxicidade de efluentes industriais. Durante esse período, os recursos oriundos da prestação de serviços com análises ecotoxicológicas viabilizaram diversas atividades de pesquisa. Ainda nessa fase, o laboratório tornou-se um dos primeiros da UFRGS a implantar e ser auditado com base nos critérios da norma ISO NBR 17025.
A partir de 2009, o laboratório passou a concentrar seus esforços exclusivamente em atividades de pesquisa, visando o aprofundamento do conhecimento científico na área de ecotoxicologia.
Em 2011, iniciou-se o processo de migração para um novo espaço dentro do Centro de Ecologia. A nova estrutura, completamente reformada por meio de convênio com a Petrobras, possibilitou a implantação dos cultivos da espécie Danio rerio (zebrafish), permitindo a realização de ensaios de toxicidade com embriões, larvas e juvenis. Desde então, os estudos com essa espécie se consolidaram como eixo central das linhas de pesquisa do laboratório ao longo da última década.
Mais recentemente, o laboratório iniciou uma nova etapa ao adotar Pimephales promelas (Fathead Minnow) como principal organismo-teste. Essa transição teve como objetivo ampliar o uso de um modelo experimental com reconhecida sensibilidade toxicológica e facilidade de manejo em laboratório, em consonância com diretrizes técnicas nacionais e internacionais. Com isso, as atividades com Danio rerio foram temporariamente suspensas, marcando uma evolução metodológica no escopo de atuação do laboratório.