Esta etapa transcorre entre 1991 e 2021, quando o Departamento se transfere para o prédio novo no campus saúde.
Em 1996, o Instituto de Biociências passou a reunir somente os departamentos ligados às áreas de Ciências Biológicas e Biodiversidade, com a transferência dos departamentos ligados à área médica para o recém criado Instituto de Ciências Básicas da Saúde. Atualmente, o Instituto de Biociências é formado por seis departamentos: Biofísica, Biologia Molecular e Biotecnologia, Botânica, Ecologia, Genética e Zoologia. O Instituto de Ciências Básicas da Saúde passou a incluir cinco departamentos: Fisiologia, Farmacologia, Ciências Morfológicas, Bioquímica e Microbiologia, Parasitologia e Imunologia.
No dia 24 de abril de 1991, reuniu-se a plenária do Departamento de Fisiologia e foi eleito o colegiado e a chefia do Departamento para o biênio 1991-1993. A Profa Maria Marques foi eleita como chefe do Departamento de Fisiologia e o Prof Gilberto Sanvitto era o Coordenador das disciplinas da Graduação. Nesse semestre (1991/2), o Departamento de Fisiologia contava com 20 docentes que ministravam 21 disciplinas envolvendo 11 cursos de graduação e 135 horas/aula semanais.
Chefes do Departamento de Fisiologia:
Maria Cláudia Irigoyen (1993-1995 IB), Maria Cláudia Irigoyen (1995-1997, ICBS), Adriane Belló Klein (1997-1999), Denise Zancan (1999-2001), Luiz Carlos Kucharski (2001-2003), Rosa Crestana (2003-2007), Maria Flávia Ribeiro (2007-2009), Roselis S. Martins da Silva (2009-2011), Eloísa Loss (2011-2015), Ilma Simoni Brum da Silva (2015-2017), Ana Paula Vinagre (2017-2019), Luciano Sturmer de Fraga (2019-2021), Eloisa Loss (2021-2023), Márcia Trapp (2023-2025), Alexandre Luz de Castro (2025- ).
