27/08 – SEMINÁRIO DE DADOS (Mestrado) – LEONARDO MARTINELLO DA ROSA
SEMINÁRIOS DE DADOS (Mestrado)
LEONARDO MARTINELLO DA ROSA
Doença Granulomatosa Crônica: análise clínica e genética de uma coorte de pacientes do Sul do Brasil (Chronic Granulomatous Disease: clinical and genetic analysis of a cohort of patients from Southern Brazil)
Orientadora: Dra. Fernanda Sperb Ludwig
Coorientadora: Dra. Ida Vanessa Doederlein Schwartz
Avaliador: Dr. José Artur Bogo Chies
27 de agosto de 2025 (quarta-feira)
Horário de início: 12h
Presencial: Anfiteatro do Departamento de Genética da UFRGS (Campus do Vale, prédio 43312)
Resumo:
A Doença Granulomatosa Crônica (DGC) é um erro inato da imunidade raro, causado por variantes patogênicas em genes que codificam os componentes do complexo NADPH oxidase, responsável por gerar espécies reativas de oxigênio (ROS) em fagócitos. A produção deficiente de ROS predispõe indivíduos com DGC a infecções recorrentes, complicações inflamatórias, autoimunidade e malignidades. Este estudo teve como objetivo caracterizar uma coorte de pacientes com suspeita clínica de DGC. Informações clínicas e bioquímicas foram coletadas de prontuários de atendimento, e amostras de sangue periférico foram utilizadas para extração do DNA genômico. O sequenciamento massivo paralelo foi realizado por meio de um painel para genes associados à DGC (CYBB, CYBA, NCF1, NCF2 e NCF4) e também por sequenciamento de genoma completo. Para detectar uma deleção GT patogênica no gene NCF1 e distingui-lo de seus pseudogenes que naturalmente apresentam essa deleção, o método gene-scan foi utilizado conforme descrito por Dekker et al. (2001). A análise e classificação das variantes seguiu as diretrizes da ACMG e ClinGen. Foi realizada um alinhamento múltiplo de gp91phox (CYBB) entre 10 espécies, e uma modelagem tridimensional do complexo NADPH e análise estrutural de variantes. Seis pacientes do sexo masculino oriundos do Rio Grande do Sul foram analisados e geneticamente diagnosticados. Os órgãos mais comumente afetados foram os pulmões, pele e linfonodos; as manifestações clínicas mais comuns mais comuns incluíram casos de pneumonias recorrentes, envolvimento cutâneo, manifestações em linfonodos e falha no desenvolvimento. Quatro pacientes apresentaram a DGC ligada ao X devido a variantes em CYBB: duas variantes provavelmente patogênicas de troca de sentido, sendo uma delas inédita, afetando um resíduo de cisteína altamente conservado, causando danos tanto na estrutura da gp91phox quanto na interação do complexo NADPH oxidase; e duas variantes patogênicas sem sentido, sendo uma predita para sofrer decaimento de mRNA mediado por códon de parada prematuro, e a outra previamente observada em estudos funcionais com ausência de expressão gênica. Dois pacientes que são irmãos foram diagnosticados com DGC autossômica recessiva causada pela deleção GT em NCF1. Um deles é heterozigoto para a deleção, sugerindo evento de recombinação na presença de um pseudogene sem a deleção GT, o que resultaria na ausência de alelos funcionais. A DGC faz parte de um grupo de doenças raras e subdiagnosticadas, destacando-se a relevância de caracterização dos quadros clínicos e do diagnóstico genético preciso, que contribui com o manejo da doença, aconselhamento genético, e transplante de medula óssea.
Abstract:
Chronic Granulomatous Disease (CGD) is a rare inborn error of immunity caused by pathogenic variants in genes encoding the components of the NADPH oxidase complex, which is responsible for generating reactive oxygen species (ROS) in phagocytes. Deficient ROS production predisposes individuals with CGD to recurrent infections, inflammatory complications, autoimmunity, and malignancies. This study aimed to characterize a cohort of patients with clinical suspicion of CGD. Clinical and biochemical data were retrieved from medical records, and peripheral blood samples were used for genomic DNA extraction. Next-generation sequencing was performed using a targeted gene panel for CGD-associated genes (CYBB, CYBA, NCF1, NCF2, and NCF4), as well as whole-genome sequencing. To detect the pathogenic GT deletion in NCF1 and distinguish it from its pseudogenes, which naturally harbor this deletion, the gene-scan method was applied as described by Dekker et al. (2001). Variant analysis and classification followed ACMG and ClinGen guidelines. Multiple sequence alignment of gp91phox (CYBB) across 10 species was performed, along with three-dimensional modeling of the NADPH oxidase complex and structural variant analysis. Six male patients from Rio Grande do Sul, Brazil, were genetically diagnosed. The most commonly affected organs were the lungs, skin, and lymph nodes; the most frequent clinical manifestations included recurrent pneumonia, cutaneous involvement, lymph node manifestations, and failure to thrive. Four patients presented with X-linked CGD due to variants in CYBB: two likely pathogenic missense variants, one of them novel, affecting a highly conserved cysteine residue and impairing both gp91phox structure and NADPH oxidase complex interactions; and two pathogenic nonsense variants, one predicted to undergo nonsense-mediated mRNA decay, and the other previously reported in functional studies showing absent gene expression. Two siblings were diagnosed with autosomal recessive CGD caused by the GT deletion in NCF1. One of them was heterozygous for the deletion, suggesting a recombination event involving a pseudogene lacking the GT deletion, resulting in the absence of functional alleles. CGD belongs to a group of rare and underdiagnosed diseases, underscoring the relevance of clinical characterization and precise genetic diagnosis, which contribute to disease management, genetic counseling, and hematopoietic stem cell transplantation.
