O PPGBM teve sua origem em 1954, quando foram convidados dois professores estrangeiros, o Dr. William W. Millstead, ecologista, e o Dr. J. Ives Townsend, geneticista, para ministrar cursos de especialização em nível de pós-graduação. Juntamente com três professores da UFRGS, Dr. Antonio Rodrigues Cordeiro, Dr. Francisco Mauro Salzano e Dr. Casemiro Victorio Tondo, esses convidados ministraram o primeiro curso de Especialização em Biologia da Faculdade de Filosofia da UFRGS. Já nesses primeiros anos, o grupo de pesquisadores em genética da UFRGS publicava em revistas científicas de grande prestígio no cenário internacional.

No ano de 1963 entrou em funcionamento, de forma regular, o curso de Doutorado, sendo que a primeira titulação ocorreu em 1968. O curso de Mestrado teve início em 1971. Nos primeiros anos, o Programa era denominado “Curso de Pós-Graduação em Biologia” (embora coordenado pelo grupo da genética e voltado para essa área), sendo que pouco depois foi renomeado como “Curso de Pós-Graduação em Genética”, tendo sido credenciado pelo antigo Conselho Federal de Educação, em 16 de março de 1973. A área de Biologia Molecular foi incorporada ao Programa na década de 1980, absorvendo um grande número de professores do Centro de Biotecnologia do Rio Grande do Sul. Alguns deles atuam como docentes colaboradores do PPGBM até hoje.

Merece destaque o fato de que o PPGBM é o mais antigo programa de pós-graduação da UFRGS, bem como de todo o Estado, considerando qualquer área do conhecimento, o que denota o pioneirismo de seus fundadores e sua importância para a ciência Brasileira como um todo. Dessa forma, são mais de 50 anos como programa regular de pós-graduação, e mais de 60 anos do início, considerando os cursos precursores, algo extraordinário na ciência brasileira.

Sendo o PPGBM um dos programas de pós-graduação mais antigos e tradicionais do Brasil, seus membros tiveram a oportunidade de formar profissionais que atuaram ou atuam em centros de pesquisa e ensino espalhados por todo o País e exterior. Profissionais formados pelo PPGBM tem se inserido no mercado de trabalho e nucleado centros de pesquisa, o que denota a capacitação dos mesmos e a abrangência de suas linhas de pesquisa. A história detalhada do PPGBM pode ser consultada no site do Museu do PPGBM.