Palestrantes

Speakers

Expected Activities - EGB 2019

  1. Lectures, in the format of classes in state-of-the-art subjects;
  2. Courses, in the format of postgraduate subjects, with 15hrs duration (1 credit);
  3. Poster presentation sessions promoting debates and integration among the participants.

Confirmed Speakers

Alphabetical Order

Adrián Gustavo Turjanski - DBC - UBA - Argentine
» How genomics can change your life
Bruna Pena Sollero  - EMBRAPA PECUARIA SUL  - Brazil  
» Aplicações da bioinformática no melhoramento genético animal
Carla Maria Dal Sasso Freitas - INF - UFRGS - Brazil  
» Visualização de Informações e suas aplicações a Dados Biológicos
Carlos Alberto Brizuela RodríguezDCCCICESE - México 
» A computational view of the side chain packing problem
Clarice Sampaio Alho - INCT Forense  - Brazil  
» A indiscutível, e cada vez maior, demanda pela bioinformatica na genética forense
Gerd Bruno Rocha - DB - UFPB - Brazil  
» Acelerando simulações moleculares pelo uso de arquiteturas de alta performance híbridas Muiti-CPU/Multi-GPU
Henrique Vieira Figueiró - EC - PUCRS - Brazil  
» Como a genômica pode contribuir em estudos evolutivos
José Fernando Ruggiero Bachega - DFC - UFCSPA - Brazil  
»  Modelagem de Reações Enzimáticas Utilizando Métodos Híbridos do Tipo QM/MM
Luiz Felipe Valter de Oliveira - NEOPROSPECTA- Brazil  
» Microbiome Revolution: Como o NGS e a bioinformática estão mudando a microbiologia e gerando novas oportunidades de negócio
Mario Inostroza-Ponta - DIINF - USACH - Chile 
»  Multiobjective optimisation in bioinformatics: Complicating our work to get better insights on bioinformatics problems
Mauro Antônio Alves Castro - PPGB - UFPR - Brazil 
» Chromatin accessibility and regulon activity patterns in breast cancer
Moises João Zotti - DF - UFPEL - Brazil  
»  A Bioinformatica/Quimioinformática Aplicada no Estudo e Controle de Insetos
Paulo Augusto Netz - IQ - UFRGS - Brazil  
» Campos de força: os idiomas da simulação computacional clássica
Roberto Dias Lins Neto - FIOCRUZ  - Brazil  
» Engenharia de proteínas de ligação a epítopo de anticorpo neutralizante do vírus Zika para detecção e neutralização viral
Sérgio F. Pantano Gutierrez - SIRAH - Inst. Pasteur - Uruguay 
» From quantum to subcellular scales: multiscale models and the SIRAH force field

Confirmed Courses

Alphabetical Order

Bruno César Feltes (INF - UFRGS)  - Brazil  
Introdução à Biologia de Sistemas e Análise de Redes - 15h/aulas

Nível: Básico (Básico => Intermediário)
Ministrante: Dr. Bruno César Feltes
Súmula do Curso: Conceitos de redes de interação (tipos de redes, parâmetros de análise de redes, elementos de um interatoma). Aplicação de redes de interação proteína-proteína para análise de sistemas biológicos e dados de expressão gênica de microarranjo.
Objetivos: O mini-curso tem como objetivo introduzir conceitos de Biologia de Sistemas para iniciantes, assim como ensinar análises básicas de mineração de dados, manipulação de redes de interação e análises topológicas das mesmas. O curso visa iniciantes, contudo, alunos que já possuam noções básicas podem aproveitar outros aspectos da matéria. É esperado que, após o término do curso, os alunos saibam como proceder com a criação, manipulação e análises básicas de redes de interação proteína-proteína e gerar seus próprios protocolos.
Conteúdos Programáticos: Breve história da biologia de sistemas; Tipos de redes de interação (redes aleatórias, hierarquicas, dinâmicas e livre-de-escala), suas características (lei de potência) e elementos de redes (nós, conectores dirigidos e não dirigidos); Propriedades de redes (módulos, centralidades de nós e conectores); Criação de redes de interação primárias (STRING e outros bancos de dados) e para análises topológicas (Cytoscape); Análise topológica de redes (centralidades e modularidade) e ontológicas gênicas; Como inserir dados de expressão gênica de microarranjo em redes de interação; Conceitos de como análisar uma rede e como discutir resultados de Biologia de Sistemas.
Procedimentos Didáticos:  Aulas expositivas com uso de projeções digitais e auxílio de quadro-branco. Concomitantemente, os alunos acompanharão as aulas utilizando dos programas descritos no Conteúdo Programático.
Pré-Requisitos: Embora não haja pré-requisitos na parte de informática, noções básicas de biologia molecular e celular é desejado para melhor acompanhamento do curso. Para um melhor aproveitamento do curso, é recomendado que alunos que possuam algum gene ou proteína (ou conjunto dos mesmos) de interesse para análisar.
Bibliografia:
- BARABÁSI, Albert-László. Network science. Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, v. 371, n. 1987, p. 20120375, 2013.
- BARABÁSI, Albert-László et al. Network science. Cambridge university press, 2016.
- BARABASI, Albert-Laszlo; OLTVAI, Zoltan N. Network biology: understanding the cell's functional organization. Nature reviews genetics, v. 5, n. 2, p. 101, 2004.
- Verli, H (org.), Bioinformática: da Biologia Molecular à Flexibilidade Molecular. E-book, 2014 (disponível em   http://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook/)
- Alberts, B. et al., Molecular Biology of the Cell. 5ed. Garland Science, 2007.

 
Frank Lino Guzman Escudero - PPGBCM - UFRGS - Brazil/Peru   
Montagem e Anotação de Genomas - 15h/aulas
 
Nível: Intermediário
Ministrante: Dr. Frank Guzman e Dr. Nureyev Rodrigues
Súmula do Curso: O mini-curso abordará aspectos básicos dos conceitos e ferramentas requeridas no controle de qualidade e pré-processamento dos dados produzidos pelo sequenciamento de nova geração (NGS), Geração e avaliação de montagens obtidas com diferentes montadores, melhoramento da montagem final e anotação do genoma.
Objetivos: Compreender os fundamentos básicos e as diferentes etapas de montagem e anotação de genomas.
Conteúdos Programáticos:
Visualização da qualidade dos dados de sequenciamento e pré-processamento (controle de qualidade, clipping dos adaptadores, trimming de qualidade); Introdução geral aos métodos de montagem, comparação de diferentes montadores e avaliação da qualidade de uma montagem; Anotação de genomas bacterianos e organelares.

Procedimentos Didáticos: Os conteúdos serão desenvolvidos por meio de apresentação oral dos conceitos basicos e tutoriais, utilizando-se material multimídia. Durante a apresentação, os participantes serão incentivados a fazer intervenções e a interagir com os professores para tirar dúvidas, complementar informações e trocar experiências.
Pré-Requisitos: Conhecimentos básicos de biologia molecular (DNA, RNA, expressão gênica, PCR, etc), linux (uso do terminal e comandos basicos) e bioinformática (formatos de sequencias e arquivos, diferentes tipos de blast)
Bibliografia:
- EKBLOM, Robert; WOLF, Jochen BW. A field guide to whole‐genome sequencing, assembly and annotation. Evolutionary applications, v. 7, n. 9, p. 1026-1042, 2014.

 

Joice de Faria Poloni (INF - UFRGS) - Brazil  
Introdução a Análises Transcritômicas de Dados de RNA-seq - 15h/aulas

Nível: Básico
Ministrante: Dra. Joice de Faria Poloni
Súmula do Curso: Métodos de análises transcritômicas. Controle de qualidade. Alinhamento e quantificação. Obtenção de genes diferencialmente expressos.
Objetivos: A proposta do curso é abordar as diferentes etapas de análise de dados transcritômicos, explorando as principais ferramentas de bioinformática aplicadas a dados de RNA-seq para a obtenção da expressão gênica diferencial no ambiente R. Ao concluir o curso, é esperado que o aluno domine o fluxo analítico da metodologia, sendo capaz de aplicar o conhecimento para seus próprios interesses de pesquisa, bem como compreender os pontos fortes e as limitações de diferentes dados e abordagens.
Conteúdos Programáticos: Introdução ao sequenciamento de nova geração; Tipos de dados ômicos e sua aplicabilidade nas ciências da saúde; Identificação, análise de qualidade e tratamento dos dados brutos; Alinhamento de reads ao genoma de referência e quantificação de transcritos;Obtenção de genes diferencialmente expressos e análise funcional dos resultados.
Procedimentos Didáticos: Aulas práticas e expositivas com uso de projeções digitais e auxílio de quadro-branco.
Pré-Requisitos: é necessário que os alunos tenham noções básicas em R e estatística básica.
Bibliografia:
- Wang Z et al. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009.
- McDermaid A et al. Interpretation of differential gene expression results of RNA-seq data: review and integration. Briefings in Bioinformatics. 2018.
- Hrdlickova R et al. RNA-Seq methods for transcriptome analysis. Wiley Interdiscip Rev RNA. 2017.
- Alberts, B. et al., Molecular Biology of the Cell. 5ed. Garland Science, 2007.
- Verli, H (org.), Bioinformática: da Biologia Molecular à Flexibilidade Molecular. E-book, 2014 (disponível em http://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook/)
-Lowe R et al. -Transcriptomics technologies. PLoS Comput Biol. 2017.ZhiCheng D & Yan C. Transcriptomics: Advances and approaches. Science China Life Sciences. 2017.
-Verli, H (org.), Bioinformática: da Biologia Molecular à Flexibilidade Molecular. E-book, 2014 (disponível em http://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook/)

Luis Fernando Timmers (UNIVATES) - Brazil  
Dinâmica Molecular - 15h/aulas

Nível: Básico
Ministrante: Dr. Luís Fernando Saraiva Macedo Timmers
Súmula do Curso: Conceitos gerais sobre dinâmica molecular clássica. Montagem e simulação de sistemas proteicos. Importância da flexibilidade proteica em processos biológicos. Métodos de análises de proteínas por meio de dinâmica molecular clássica.
Objetivos: O curso tem como objetivo apresentar aos estudantes área área de biofísica molecular computacional, por meio da dinâmica molecular clássica. Serão abordados temas como flexibilidade proteica, interação proteína-proteína, proteína-ligante, os quais normalmente estão envolvidos em processos biológicos. Desta forma, espera-se que ao concluir o mini-curso o estudante seja capaz de compreender a importância da técnica de dinâmica molecular clássica para uma melhor compreensão dos processos biológicos.
Conteúdos Programáticos: Parte téorica: conceitos gerais sobre biologia estrutural, aminoácidos, níveis organizacionais de proteínas, flexibilidade proteica e interação proteína-ligante. Conceitos gerais sobre dinâmica molecular clássica, preparação de sistemas biológicos para simulações, métodos simples de análises. Parte prática: Montagem de sis- temas de biológicos para simulação, simulação dos sistemas biológicos, análises básicas por meio do pacote de programas GROMACS.
Procedimentos Didáticos: Aulas expositivas com uso de projeções digitais intercalada com partes práticas, além de discussão de textos pré-selecionados.
Pré-Requisitos: Noções básicas do sistema operacional Linux.
Bibliografia Recomendada:
- Verli, H (org.), Bioinformática: da Biologia Molecular à Flexibilidade Molecular. E- book, 2014 (disponível em http://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook)
- Rapaport, D. (2004). Frontmatter. In The Art of Molecular Dynamics Simulation (pp. I-Iv). Cambridge: Cambridge University Press.
- Field, M. (2007). Frontmatter. In A Practical Introduction to the Simulation of Molec- ular Systems (pp. I-Iv). Cambridge: Cambridge University Press.
- Schlick, T. (2002). Molecular Modeling and Simulation. Springer. ISBN 0-387-95404-X. McCammon, S. C. Harvey (1987) Dynamics of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press. ISBN 0521307503

Márcio Dorn, Pedro Henrique Narloch, Bruno Iochins Grisci ( INF - UFRGS) - Brazil  
Programação Python para Bioinformática - 15h/aulas


Nível: Básico.
Súmula do Curso: Neste mini-curso serão apresentados recursos da linguagem Python para
programação e resolução de problemas na Bioinformática.
Objetivos: O curso tem como objetivo apresentar aos estudantes a linguagem de programação Python e a sua utilização na resolução de problemas na área de Bioinformática em níveis variados. Espera-se que ao concluir o curso o participante tenha adquirido conhecimentos básicos em programação Python e que possa propor e implementar soluções computacionais para diferentes classes de problemas.
Conteúdos Programáticos: Introdução ao Python; Principais Características; Diferenças Principais entre Versões; O Interpretador Python; Variáveis e Tipos de Objetos; Entrada e Saída de Dados; Operadores; Estruturas de Controle; Identação; Comandos de Decisão (Condi- cionais); Comandos de Iteração (Laços de Repetição); Break; Tipos de Objetos; Strings, Listas, Tuplas e Dicionários; Funções e Módulos; Escopo de Variáveis; Funções; Módulos; Exceções; Geração de Exceções; Tratamento de Exceções.
Procedimentos Didáticos: Aulas expositivas com uso de projeções digitais intercalada com partes práticas.
Pré-Requisitos: Noções básicas do sistema operacional Linux.
Bibliografia:
- CharlesR.Severance, Python for Everybody: Exploring Data Using Python3 .Disponível em: http://do1.dr-chuck.com/pythonlearn/EN_us/pythonlearn.pdf
- Richard L. Halterman. Learning to Program with Python. Disponível em: https:// www.cs.uky.edu/~keen/115/Haltermanpythonbook.pdf

Rodrigo Ligabue-Braun (DP - UFCSPA) - Brazil  
Biologia estrutural para iniciantes  - 15h/aulas

Nível: Básico (Básico)
Ministrante: Dr. Rodrigo Ligabue Braun
Súmula do Curso: Arquitetura de biopolímeros (proteínas, ácidos nucleicos, glicanas) e de biomembranas. Forças estabilizadoras e influentes na conformação de biomoléculas. Métodos de análise estrutural em biologia celular e molecular.
Objetivos: O curso visa expandir a visão do estudante sobre a biologia estrutural, normalmente focada exclusivamente em proteínas. Além da descrição estrutural de biomoléculas, pretende-se explorar aspectos relevantes a respeito das metodologias de análise estrutural em biologia. Ao concluir o curso, espera-se que o estudante seja capaz de diferenciar os níveis de organização presentes nos diferentes tipos de biomoléculas, identificar as forças responsáveis por tais níveis e selecionar o método mais adequado para o estudo de cada classe molecular.
Conteúdos Programáticos: Proteínas: globulares, fibrosas, intrinsecamente desenoveladas, metaestáveis, amiloides; níveis organizacionais, ligação peptídica, forças estabilizadoras e desestabilizadoras, enovelamento. Ácidos nucleicos: classes/tipos de DNA e RNA, ligações, forças estabilizadoras e desestabilizadoras, “enovelamento”, pareamentos típicos e atípicos, parâmetros estruturais.; Glicídeos: monossacarídeos, oligossacarídeos, polissacarídeos, ligação glicosídica, glicação, glicosilação, glicoproteínas; Biomembranas: composição, diferenças em relação a polímeros, fases, curvaturas, organização; Metodologias de análise estrutural: difração de raios X, espalhamento de raios X a baixos ângulos, ressonância magnética nuclear, dicroísmo circular, diagrama de fases, degradação de Smith, liberação de fragmentos, modelagem computacional.
Procedimentos Didáticos: Aulas expositivas com uso de projeções digitais e auxílio de quadro-branco, além de discussão de textos pré-selecionados.
Pré-Requisitos: Não há.
Bibliografia Recomendada:
- Branden, C & Tooze, J. Introduction to Protein Structure. 2ed. Garland Sciene, 1999.
- Liljas, A. et al. Textbook of Structural Biology. World Scientific Publishing, 2009.
- Metzler, D.E., Biochemistry: The Chemical Reactions of Living Cells. 2ed. Academic Press, 2003.
- Ringe, D. & Petsko, G.A., Protein Structure and Function. Oxford University Press, 2008.
- Alberts, B. et al., Molecular Biology of the Cell. 5ed. Garland Science, 2007.
- Nelson, D.L. & Cox, M.M., Lehninger Principles of Biochemistry. 5ed. W.H. Freeman, 2008.
- Rao, V.S.R. et al., Conformation of Carbohydrates. CRC Press, 1998.
- Verli, H (org.), Bioinformática: da Biologia Molecular à Flexibilidade Molecular. E-book, 2014 (disponível em http://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook/)

 

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