O Curso de Doutorado com duração de 48 meses tem ênfase na formação de pesquisadores de alto nível. Composto de 36 créditos, no terceiro semestre o aluno deve cursar a disciplina de Seminário de Tese, preparatória para a qualificação de Doutorado que ocorre até o final do quarto semestre. O curso é concluído com a apresentação da Tese de Doutorado ao final do oitavo semestre. Em cumprimento ao planejamento aprovado no Conselho do PPG em 2018, a partir de 2019 os discentes que não possuam mestrado em Ciência Política devem obrigatoriamente cursar, a disciplina de Metodologia de Pesquisa em Ciência Política.
Como um incentivo ao incremento da formação, passou a vigorar para as turmas ingressantes em 2019 a exigência de cumprimento de 60 horas de atividades complementares descritas em resolução específica do Programa e contemplando atividades de extensão e pesquisa conexas às linhas de pesquisa onde do Programa.
Ao longo do curso os alunos de doutorado são fortemente incentivados a realizar um estágio no exterior em instituição de excelência na área de Ciência Política. No decorrer dos quatro anos os alunos bolsistas CAPES realizam o estágio docência obrigatório. Com vistas a proporcionar uma formação sólida em diferentes áreas da ciência política, os alunos devem, obrigatoriamente, cursar ao menos uma disciplina de Linha de Pesquisa diferente da que está vinculado. É importante ressaltar que o estágio docente é realizado em um dos seis cursos de graduação em que os docentes do Programa possuem inserção, Ciências Sociais, Políticas Públicas, Relações Internacionais, Economia, Administração Pública e Comunicação Social. Apesar de vinculado ao IFCH-UFRGS e ter entre seus docentes 70% dos docentes do Departamento de Ciência Política da UFRGS, o Programa conta com docentes de outras unidades da UFRGS.