O Curso de Mestrado do Programa tem duração de 24 meses com ênfase na formação teóricometodológica em ciência política. É composto de 24 créditos com disciplinas formativas ofertadas de forma articulada pelas quatro diferentes linhas de pesquisa do Programa na forma de cursos teóricometodológicos e tópicos especiais, sendo a disciplina de Metodologia de Pesquisa em Ciência Política obrigatória a partir de 2019, tanto para os alunos do mestrado quanto para alunos do Doutorado oriundos de outras áreas. Cabe ressalvar que são ofertadas, também disciplinas eletivas de Metodologia voltadas para a construção de objetos de pesquisa em temas mais específicos. Ao final do Curso o aluno apresenta uma Dissertação de Mestrado.
Como um incentivo ao incremento da formação, passou a vigorar para as turmas ingressantes em 2019 a exigência de cumprimento de 30 horas de atividades complementares descritas em resolução específica do Programa e contemplando atividades de extensão e pesquisa conexas às linhas de pesquisa do Programa. Também passou a vigorar em 2019 a avaliação através de Parecer do Projeto de Dissertação dos discentes a ser realizado no terceiro semestre previsto tempo de ajuste par aos projetos e aprovação obrigatória para matrícula no 4o semestre do Curso de Mestrado.