O território que hoje é o estado do Rio Grande do Sul começou a ser povoado há 12000 anos por movimentações de povos indígenas (povos originários) que permanecem até os dias de hoje. Portanto a chegada dos europeus é mais uma onda migratória – a terceira, fortemente estimulada pelo movimento colonizador caracterizado pela rapina, esgotamento ambiental e aniquilação cultural. Essa chegada, do conquistador europeu, altera radicalmente o modo de vida das populações originárias. Relatos históricos mencionam os inúmeros conflitos entre as populações nativas e os colonizadores, ocorrendo o genocídio de grande parte da população de grupos como os Charrua, os Minuano, os Guarani e os Jê. Hoje seus descendentes encontram-se em aldeamentos indígenas localizados em diferentes lugares do Estado, em luta pela retomada de seus territórios e afirmação de sua identidade e presença na sociedade.
As frentes colonizadoras portuguesas e espanholas pressionaram as populações nativas de tal forma que seu modo de vida foi radicalmente alterado. Quando os primeiros viajantes europeus percorreram o litoral gaúcho e aventuraram-se pelo Rio da Prata encontraram populações Guarani e, graças a eles muitas vezes, obtiveram o que comer. Nessa época também contataram os Charrua e Minuano e mais tarde entraram em atrito com Kaingang no planalto.
A bibliografia etno-histórica disponível permite afirmar que aproximadamente 200.000 pessoas falavam a língua Guarani na região no tempo da conquista européia. Esses ameríndios estavam distribuídos por todas as áreas de mata subtropical, que se estende ao longo do rio Uruguai e seus afluentes, ao longo do Rio Jacuí e seus tributários, ao longo da costa marítima e suas lagoas.
Os Guarani, a partir do século XVII, foram incorporados às reduções jesuíticas, e sua habilidade artesanal foi direcionada à confecção de arte barroca. Reconhecidos pela sua grande capacidade de manejo agrícola e grandes concentrações populacionais eram alvo de constantes investidas dos bandeirantes paulistas, que os levou ao extermínio. Os Sete Povos das Missões Orientais do Uruguai deram origem aos atuais municípios gaúchos daquela região e suas ruínas são importantes provas da nossa riqueza histórica como as ruínas de São Miguel, consideradas Patrimônios da Humanidade pela Unesco. Os sobreviventes dos Sete Povos das Missões foram enviados para Aldeia dos Anjos (atual município de Gravataí) onde com o tempo dissiparam-se em meio à população local. Os remanescentes guarani da atualidade migraram de outras regiões e conforme políticas há muito estabelecidas foram enviados para reservas indígenas.
Os caçadores e coletores Charrua e Minuano dos séculos XVI e XVII, possíveis descendentes dos construtores de cerritos, foram mais hostis e mantiveram suas tradições e costumes frente a cultura do conquistador. Porém, seu modo de vida alterou-se devido ao inevitável contato com o europeu, bem como a incorporação de elementos da economia colonial, como o cavalo utilizado para locomoção e alimento, a caça ao gado introduzido nos campos pampeanos pelo colonizador e a participação da vida política e militar colonial, apoiando ora portugueses, ora espanhóis nas guerras de fronteira. Muitos ainda abandonaram seu modo de vida tradicional tornando-se peões, prestando serviços nas fazendas do colonizador. Finalmente, quando pressionados pela ocupação definitiva do seu território, os Charrua e Minuano se aliaram em 1730 para resistir à frente expansionista do branco. Por persistirem na manutenção de seu modo de vida em circunstâncias completamente modificadas, foram praticamente exterminados pelo exército uruguaio em 1832, sobrevivendo pouquíssimos indígenas.
No planalto sul-rio-grandense, na época da conquista, habitavam populações Kaingang e Xokleng da família linguística Macro-Jê, possíveis descendentes dos construtores de casas subterrâneas. Em um primeiro momento, esses grupos não sofreram tanto com a chegada dos europeus, pois a região do planalto não interessava à economia colonial. Porém, no século passado, já no Brasil República, políticas de incentivo à migração trouxeram ao Estado inúmeros imigrantes europeus que se instalaram na encosta e no planalto gaúcho. Assim iniciaram-se os conflitos destes com os tradicionais habitantes da região. Como consequência, foram criadas reservas indígenas para abrigar os nativos. A maior parte de seus descendentes seguem hoje confinados em territórios que lhes foram destinados no norte do Estado.
