O PPGCTA possui um caráter essencialmente multidisciplinar, atuando na área de concentração “Ciência e Tecnologia de alimentos” através das seguintes linhas de pesquisa:
- Qualidade de Alimentos
- Processos em Alimentos
A linha de pesquisa Qualidade de Alimentos engloba projetos nas áreas de Química e Bioquímica de Alimentos, Microbiologia e Inocuidade de Alimentos, e Avaliação e Controle de Qualidade em Alimentos. A linha de pesquisa Processos em Alimentos inclui projetos relacionados à Tecnologia de Alimentos e Bioprocessos em Alimentos.