No ICTA funcionam dois Departamentos de Ensino: o Departamento de Ciências dos Alimentos e o Departamento de Tecnologia dos Alimentos.
Estes Departamentos são responsáveis pela oferta de disciplinas aos seguintes Cursos de Graduação da Universidade: Engenharia de Alimentos, Agronomia, Biomedicina, Farmácia, Química Industrial Nutrição e Zootecnia.