Durante uma pandemia, algumas das principais preocupações são a rápida realização de diagnósticos e a acurácia na identificação da presença do vírus na população. Os testes de RT-qPCR são úteis na fase inicial da doença, quando o vírus pode ser detectado no trato respiratório, e foram adotados como o teste-padrão para diagnóstico de COVID-19. Porém, uma taxa não negligenciável de resultados falso-negativos tem sido reportada.
Uma explicação possível para os falso-negativos é que a concentração de RNA viral pode ser muito baixa na amostra e não ser detectada pelo RT-qPCR. De fato, a carga viral pode variar dependendo da amostra (nasofaringe, orofaringe, lavado broncoalveolar, escarro, saliva ou fezes), da sua qualidade e do tempo em que a amostra foi coletada. Outra explicação poderia ser a habilidade natural dos vírus para evolução genética.
Assim que alguns genomas do SARS-CoV-2 foram sequenciados, kits de RT-qPCR foram rapidamente desenvolvidos em janeiro de 2020. Como esses kits foram desenvolvidos nos primeiros estágios da pandemia, não foi possível avaliar claramente quais seriam as melhores regiões do genoma do SARS-CoV-2 para o desenho de primers e sondas, componentes do kit. Além disso, poucas sequências de genomas de SARS-CoV-2 estavam disponíveis naquela época para se fazer uma avaliação detalhada da especificidade desses componentes. De lá para cá, as sequências de milhares de genomas de SARS-CoV-2 foram disponibilizadas.
Neste estudo, os pesquisadores fizeram uma avaliação in silico (no computador) da especificidade de 30 primers e sondas, usados em 12 kits de RT-qPCR para a detecção de SARS-CoV-2. Foram utilizadas sequências de 2.569 genomas do SARS-CoV-2 e 2.423 sequências de genomas de outros coronavírus e vírus respiratórios, além do genoma humano. Todos os kits analisados, exceto um, tiveram poucos resultados falso-negativos. Alguns coronavírus relacionados à SARS e coronavírus de morcegos tiveram resultado positivo para alguns primers e sondas. Esse resultado positivo não é surpreendente, já que há uma similaridade genética entre o SARS-CoV-2, o SARS-CoV (causador da SARS de 2002/2003) e coronavírus de morcegos.
Apesar do SARS-CoV ter desaparecido de circulação na população humana (não houve mais casos desde 2004), seu reaparecimento é uma possibilidade, que poderia resultar em resultados falso-positivos na detecção do vírus da COVID-19. As análises deste trabalho indicam que algumas mutações do vírus têm potencial para afetar a sensibilidade e especificidade dos kits de RT-qPCR.
FONTE: Use of Whole Genome Sequencing Data for a First in Silico Specificity Evaluation of the RT-qPCR Assays Used for SARS-CoV-2 Detection. Gand, M.; Vanneste, K.; Thomas, I.; Van Gucht, S.; Capron, A.; Herman, P.; Roosens, N.H.C.; De Keersmaecker, S.C.J. Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 5585.